Altare Maggiore costruito nel 1728 dall’architetto Francesco Schiaffino secondo la tipologia a "conchiglia", forma questa estremamente dinamica e ardita poggiante solo su due punti, in muratura rivestito da marmo Broccatello di Spagna e marmo Bianco; domina su tutto lo spazio il Crocifisso ligneo dello scultore Antonio Maragliano (1664 +1741) creatore di una Scuola genovese di Intaglio. Sempre nel presbiterio, ai lati dell’altare maggiore i Giuspatroni fecero erigere due sarcofaghi a destra per l’abate Francesco e a sinistra Achille Costaguta raffigurati rispettivamente nei busti marmorei.